Các sử gia Procopius và Cedrenus cho biết Hoàng đế Justinian đã xây dựng một nhà thờ mới ở đây vào cuối triều đại của ông (559-560). Nhà thờ mới này lớn hơn rất nhiều so với đền thờ được xây lần đầu tiên. Công trình sử dụng vật liệu còn thừa sau khi xây dựng Nhà thờ Hagia Sophia. Sau khi đền thờ được hoàn thành, Đế quốc Byzantine đặt tên cho cánh cổng nằm bên ngoài các bức tường của Theodosius II là: "Cổng mùa xuân "(tiếng Hy Lạp: Πύλη τῆς Πηγῆς)[8].

Sau khi Constantinople sụp đổ vào năm 1453, nhà thờ đã bị phá bỏ bởi người Thổ Nhĩ Kỳ. Những tảng đá của công trình được sử dụng để xây dựng một nhà thờ Hồi giáo Sultan Bayezid. Chỉ có lại một nhà nguyện nhỏ ở vị trí cũ của nhà thờ. Phải đi hai mươi lăm bước xuống, người ta mới tới được dòng suối được vây quanh bởi một rào chắn. Năm 1547, nhà nghiên cứu người Pháp Petrus Gyllius cho biết rằng nhà thờ đã không còn tồn tại, và người dân rất khó để lấy được nước thánh.

Sau cuộc Chiến tranh giành độc lập Hy Lạp vào năm 1821, ngay cả những nhà nguyện nhỏ cũng bị phá hủy và dòng nước suối bị chôn vùi dưới đống đổ nát. Năm 1833, các cải cách Ottoman Sultan Mahmud II đã cho phép cho các Kitô hữu xây dựng lại nhà thờ. Khi nền móng ban đầu của nhà thờ được phát hiện trong quá trình xây dựng, quốc vương đã đưa ra một sắc chỉ thứ hai cho phép không chỉ xây dựng lại một nhà thờ nhỏ, nhưng là một nhà thờ lớn theo kích thước ban đầu. Công trình xây dựng được hoàn thành vào ngày 30 tháng 12 năm 1834. Thượng phụ Constanipole là Constantius II đã thánh hiến nhà thờ vào ngày 2 tháng hai năm 1835, cùng với 12 Giám mục và sự có mặt có rất đông các tín hữu.

Vào ngày 6 tháng 9 năm 1955, trong cuộc tàn sát chống Hy Lạp tại Istanbul, nhà thờ là một trong những mục tiêu của đám đông cuồng tín. Tòa nhà đã bị đốt cháy, linh mục sở tại bị hành hình, và Tổng linh mục Chrisanthos Mantas 90 tuổi thì bị sát hại bởi đám đông[9].

Một nhà thờ nhỏ đã được xây dựng lại trên nền nhà cũ, nhưng nhà thờ hiện giờ vẫn chưa được khôi phục lại theo kích thước cũ. Suối nước vẫn còn chảy cho đến ngày nay và được coi như nguồn ơn cứu chữa của các tín hữu.